Le bassin du Congo est une région politiquement instable et le théâtre de conflits armés sporadiques. Les tensions entre les différentes parties prenantes conduisent souvent à des violences physiques et à des violations des droits de l'homme, qui ont tendance à toucher de manière disproportionnée les membres les plus vulnérables de la société. Les trois parcs participants du bassin du Congo abritent un certain nombre de groupes de chasseurs- cueilleurs indigènes, dont la situation actuelle est bien pire que celle du reste de la population. Environ 250 groupes ethniques différents vivent dans la région et, bien que le nombre exact d'indigènes dans les parcs soit inconnu, il est estimé entre 700 000 et 2 000 000. Soumis à des discriminations, exploitations, exclusions et violences répétées, les peuples autochtones du bassin du Congo sont fréquemment et brutalement expulsés de leurs terres et contraints de vivre dans des conditions de vie précaires avec peu ou pas d'accès à l'éducation ou aux soins de santé. Leurs droits à la terre et à vivre en paix en tant qu'êtres humains ne sont ni protégés ni promus, ce qui les éloigne à leur tour de leurs systèmes de savoirs traditionnels, de leur patrimoine culturel et de leurs moyens de subsistance.
Alors que ces communautés s'éloignent de plus en plus de la forêt en raison d'un accès limité, un nombre croissant de groupes autochtones se sédentarisent et s'alcoolisent ; contraints de vivre au bord des routes et dans les communautés agricoles. La pression croissante exercée par la chasse commerciale, l'exploitation minière, l'exploitation forestière, les migrants et les efforts de conservation de la nature sont tous des contributeurs majeurs à la disparition rapide du patrimoine autochtone et culturel et des modes de vie traditionnels.
En 2019, des gardes forestiers engagés dans des travaux de conservation pour le WWF ont été accusés de graves violations des droits humains contre les peuples autochtones et les communautés locales vivant dans les aires protégées. En réponse, le WWF a lancé des enquêtes pour traduire en justice tous les auteurs, a créé un centre des droits de l'homme à Mambele, au Cameroun, et a dispensé une formation appropriée aux gardes forestiers. Le WWF a également mis en place un cadre de sauvegardes environnementales et sociales (ESSF) applicable à tous les projets, programmes et paysages du réseau WWF.